殺菌劑的作用途徑主要有兩種：保護性殺菌劑和內吸性殺菌劑。保護殺菌劑直接接觸植物細胞外或表皮上的病原菌，將病原菌殺滅或抑制，使其無法進入綠色植物，從而保護稀有植物不受病原菌的侵害。這類殺菌劑被稱為保護性殺菌劑，它的功效有兩個方面：一是藥液噴灑后能立即殺滅病原菌，即所謂的“接觸抑制作用”；二是當病原菌落在植物細胞表面時，藥液能噴灑到植株細胞表面，從而導致植株死亡，稱為“殘留抑制作用”。
不同的殺菌劑有不同的方法和效果。當細菌浸染綠色植物表面之前，對其起到一種預防作用時，稱其為一種保護性殺菌劑，即一種保護性薄膜；當細菌浸染被噴藥時，稱其清除性殺菌劑，稱其為清除性殺菌劑；當細菌浸染被綠色植物消化吸收時，稱其為一種內吸性殺菌劑，兩者大多具有化學治療作用。因此，實用往往簡單的將殺菌劑分為保護作用和內吸作用兩種作用方式。其作用機制，也可大致分為兩類：
影響了病菌的呼吸過程，抑制了動能的產生。
影響菌體生命的化學物質如蛋白質、核苷酸、谷甾醇等的微生物合成。保護殺菌劑是目前廣泛應用，但殺菌能力較低的一類殺菌劑。內吸殺菌劑一般具有很強的殺菌能力，但其殺菌譜較窄，有些殺菌劑的殺菌范圍僅限于某一類病原菌。由于內吸在菌體中的支撐力比較單一，病菌很容易因遺傳基因的突變而產生抗藥性。為更好地預防或減緩耐藥性的產生，一般應選用適量的保護膜和內吸劑混合或交替使用，這樣可揚長補短，取得良好的防效。使用時應根據病蟲害發生特點，采用種子處理、葉面噴施、土層處理等多種噴施方式。